自然界中，磷的循環(huán)包括可溶性無機磷的同化、有機磷的礦化、不溶性磷的溶解。微生物分解含磷化合物的作用，分為有機磷化合物的分解和無機磷化合物的分解兩種。分解有機磷化合物主要是微生物產生的各種酶參與的結果，核酸和磷脂只有在相應的酶的作用下才能分解。
有機磷化合物在土壤復合體中變化復雜，極易形成難分解的產物，如植酸在酸性土壤中易于鐵、鋁結合，形成極難分解的化合物；有機磷化合物在泥炭、腐殖質中，與某些有機質形成絡合物。
形成難分解的物質后，只有相對應的微生物相應酶才能分解。芽孢桿菌對植酸的分解；熒光假單胞菌和解磷巨大芽孢桿菌對卵磷脂、核酸的分解；磷酸酶對有機磷化合物的分解。
微生物促進磷有效化的另一個重點，對土壤中無機磷的溶解作用。微生物生命活動產生的無機酸和有機酸，其中的有機酸大都具有溶磷作用。有機酸中的葡萄糖酸對難溶性磷酸鹽溶解作用明顯。羥基酸可與鈣、鐵離子構成絡合物，提高磷酸鹽的溶解度。
土壤中的磷（包括施入的磷肥）容易被固定單純依靠增施磷肥不能提高作物產量和品質，還會造成磷過量的副作用：
一、施用磷肥過量，會使作物從土壤中吸收過多的磷素營養(yǎng)
過多的磷素營養(yǎng)會促使作物呼吸作用過于旺盛，消耗的干物質大于積累的干物質，造成繁殖器官提前發(fā)育，引起作物過早成熟，籽粒小，產量低。
二、誘發(fā)土壤缺鋅
過量施用磷酸鈣后，會使土壤里的鋅與過量的磷作用，產生磷酸鋅沉淀，作物無法吸收，使作物出現明顯缺鋅癥狀；過量施用鈣鎂磷肥等堿性磷肥后，會使土壤堿化，使鋅的有效性降低，影響作物對鋅的吸收。
三、過量施磷會使作物得磷失硅
據研究，過量施用磷肥后，還會造成土壤中的硅被固定，不能吸收，引起作物缺硅，特別是對喜硅的禾本科作物的影響更大。如喜硅作物水稻，若不能從土壤中吸收到較多的硅元素就會發(fā)生莖稈纖細，倒伏及抗病能力差等缺硅癥狀。
四、過量施磷會使作物得磷缺鉬
適量施用磷肥，會促成作物對鉬的吸收，但過量施用磷肥，卻會使磷和鉬失去營養(yǎng)平衡，影響作物對鉬的吸收，表現出“缺鉬癥”。
五、造成土壤中有害元素積累
磷肥主要來源于磷礦石，磷礦石中含有許多雜質。其中包括鎘、鉛、氟等有害元素。而且施用磷肥會引起土壤中鎘的增加，其年增長量分別為0.15％和0.08％，且這種鎘有效性高，易為作物吸收，給人畜造成危害。
六、過量施磷肥會造成土壤理化性質惡化
過磷酸鈣含有大量的游離酸，連續(xù)大量施用，會造成土壤酸化。鈣鎂磷肥含有25%-30%的石灰。大量施用會使土壤堿性加重和理化性質惡化。
